La chiesa originaria a tre navate viene eretta nel 1470 circa da Cristoforo Solari e parzialmente demolita da Ludovico il Moro nel 1492 per realizzarne una a pianta centrale che, su progetto del Bramante, divenne il più bell’esempio di edificio rinascimentale di Milano. Colpisce la semplicità e la linearità dell’interno, in contrasto con la ricchezza decorativa della tribuna. Fu sempre il Moro a incaricare Leonardo di dipingere "L’ultima cena” nel refettorio.